公共卫生医疗中心主要职能是承担疑难危重急、慢性传染病的临床救治、医学科研、培训指导和对外合作交流，同时作为疾病预防控制中心的临床基地，承担对基层专业技术人员进行技术指导和系统培训任务。
开展传染病及慢性非传染性疾病、地方病等临床治疗技术研究，重点加强结核病、艾滋病等重大传染病的基础性研究。
公共卫生中心是实施国家基本公共卫生项目的地方，也是一个社区卫生中心，除了进行正常的医疗活动外，还进行着《国家基本公共卫生项目服务规范》的11项内容，即城乡居民健康档案管理、健康教育、预防接种、0-6岁儿童健康管理、孕产妇健康管理、突发重大公共卫生事件报告和处理、卫生监督协管等
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